Футбольный клуб "Краснодар-2" основан в мае 2013 года и является фарм-клубом футбольного клуба "Краснодар", который выступает в РФПЛ.
Высшее достижение клуба в чемпионатах России - 3 место Первенства ПФЛ южной зоны, добытое в прошлом сезоне (2015/16).
После прошлогоднего успеха, руководство "Краснодара" приняло решение омолодить состав своей второй команды. Многие футболисты, которые составляли костяк "Краснодара-2" и привели его к бронзовым наградам ПФЛ отправились по арендам в клубы более высокого ранга. Сейчас костяк команды составляют игроки не старше 21 года.
Подопечные Дмитрия Ивановича Кудинова на данный момент занимают место в турнирной таблице, в их активе 34 очка после 24 туров. Лучшим бомбардиром является полузащитник Дмитрий Воробьев который отличился 6 раз. Матч первого круга завершился нулевой ничьей, но армейцы были ближе к победе и могут быть недовольны таким результатом.
Два прошедших матча краснодарцы проиграли: в гостях "Ротору" (0:3) и дома новороссийскому "Черноморцу" (0:1).
Самая крупная в истории клуба победа - 5:0 «Черноморец» (Новороссийск) (2015/16).
Самое крупное в истории клуба поражение - 0:6 «Волгарь» (Астрахань) (2013/14).
08.10.2016 Краснодар-2 0:0 СКА ПФЛ
19.10.2015 Краснодар-2 1:0 СКА ПФЛ
28.07.2015 СКА 0:3 Краснодар-2 ПФЛ